Como dice kanuto, si quitas el subwoofer de la caja sonará peor, a menos que te fabriques tú una caja nueva que sea equivalente.
Con equivalente me refiero a que por ejemplo no es lo mismo una caja de 20 litros cuadrada que una de 20 litros con una forma rara.
El material también influye, lo mejor la madera que tiene buen sonido y no es muy cara.
Resumiendo, que si te fabricas tú un cajón de madera con la forma del hueco de la rueda de repuesto igual tienes suerte y consigues que suene igual.
O quien sabe quizás suena mejor
Lo de los altavoces, yo llevo unos 6x9 de 3 vías en la bandeja y suenan muy bien, me gusta que el sonido venga de atrás jejeje