El rele esta en el cable negro del coche que es el cable ON, porque lo que hace es cortar el ON cuando se activa la alarma.
El otro cable marron que ves es el de la propia alarma, que va en el mismo sitio, es el ON de la alarma.
EDIT:
Empieza por lo que es seguro que esta mal que es el cable griz que no va al alternador, puede que por eso te hayas cargado algo, ya que ese cable funciona solo con campo magnetico... estoy casi seguro que por eso te parpadea la luz de fallo motor cuando intentas arrancarlo.
Otra cosa que puedes hacer, pero esto mas que nada para ver si has puesto bien el rele de corte, es intentar poner el coche en marcha desde la llave cuando la alarma este sonando (baja la ventanilla, cierra las puertas con el candado de la alarma y abre la puerta desde dentro del coche, empieza a sonar, dale arranque haber que pasa) en principio solo tiene que arrancar durante un segundo o menos.